As Custom ROMs, ou seja, as ROMs personalizadas não existiriam se não fosse o root. Ele é necessário para a maioria das atividades que fazemos em roms deste tipo, como fazer o flash da ROM, editar algum arquivo específico de sistema ou até mesmo, ganhar alguma funcionalidade nova em algum aplicativo.
E o mais famoso dos projetos deste tipo no mundo Android é a CyanogenMod. Desde o início do projeto ela usava o aplicativo SuperUser desenvolvido pelo ChainsDD e que recentemente havia sido substituído pelo app feito pelo Koush.
A CyanogenMod parece ter sido a última versão do projeto que usa um aplicativo externo para o Super usuário, pois, tal qual diversas ROMs agora a CyanogenMod 12 vai ter toda a funcionalidade de super usuário integrada com o Privacy Guard.
A mudança no código que pode ser vista no Reddit mostra que o acesso root será desativado por padrão para que os usuários tenham que ir nas configurações de privacidade ( Privacy Guard ) e habilitá-lo para o que for necessário.
O Privacy Guard é um cenário que existe em muitas ROMs personalizadas destinado a tornar mais fácil para os usuários gerenciar as permissões de aplicativos aplicativo por aplicativo ( chato, mas em compensação totalmente granular e interessante ).
Os usuários podem dedicir quais as permissões devem estar em uso por cada aplicativo, que, muitas vezes existem somente para coletar dados dos usuários e outras coisas potencialmente maliciosas.
A CyanogenMod não foi lançada oficialmente porque o time da Cyanogen trabalha do famoso modo “está pronto quando está pronto”.
Mas, isto não impede ninguém ainda de usar a CyanogenMod já que há diversas versões não oficiais da CyanogenMod 12 para diversos dispositivos ( caso você tenha interesse em testá-la é só procurar no Google pela versão para o seu dispositivo ).
Não se tem ainda notícias de como estas configurações irão trabalhar com aplicativos externos com o SuperSu do Chainfire, mas se seguir o mesmo padrão do SuperUser que está dentro das ROMs AOKP a um bom tempo, não irão acontecer conflitos.