Muitas pessoas não esquentam muito com o root em aparelhos Android, mas, com toda certeza, eu sou um dos que não consegue imaginar um aparelho Android sem root. E sempre os primeiros caras a conseguir o root em todos os aparelhos Android são sem dúvida os donos do Nexus já que eles são os primeiros a receber todos os novos sistemas operacionais Android.
O Android Marshmallow só começou a chegar nos dispositivos esta semana e rapidamente o grande Chainfire ja disponibilizou uma versão beta do SuperSu e imagens de boot modificadas para que seja possível fazer o root dos dispositivos Marshmallow.
Depois de atualizar o seu dispositivos Nexus para o Marshmallow você vai precisar fazer o flash de uma imagem boot.img modificada ( que contém o kernel e uma ramdisk modificada ).
Isto lhe permite ganhar o root com o SELinux mesmo que ele esteja com o modo enforcing habilitado.
As imagens de atualização podem causar resets de fábrica em alguns dispositivos principalmente aqueles com criptografia forçada como o Nexus 6 e Nexus 9.
Portanto, tudo que você tem que fazer é instalar o TWRP e após isto a nova versão beta do SUperSU.
A segurança está bem mais apurada no Android atualmente mas sempre, temos o Chainfire para nos ajudar a tentar fazer o root nos dispositivos e a meta dele é que isto seja feito em breve sem a necessidade de muita modificação.
Portanto, fique de olho nas notícias sobre isto.
Vale lembrar que após fazer o root você não mais será capaz de receber as imagens de fábrica mas, ao mesmo tempo, as imagens de fábrica que você flashar via zip irão funcionar sem grandes problemas.
Via XDA e XDA